স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় বিভাগের আওতায় ১৯৯৪ সালের কোম্পানী আইনের ২৮ ধারার বিধান মতে যৌথ মূলধন কোম্পানী ও ফার্মসমূহের পরিদপ্তর হতে নিবন্ধন গ্রহণের মাধ্যমে “ক্ষুদ্র কৃষক উন্নয়ন ফাউন্ডেশন (Small Farmers Development Foundation)” নামে এ প্রতিষ্ঠান গঠিত হয়।

          জাতিসংঘের খাদ্য ও কৃষি সংস্থা (এফএও) কর্তৃক ১৯৭২ সালে এশিয়া অঞ্চলের ৮ টি দেশে ক্ষুদ্র কৃষক ও ভূমিহীনদের অবস্থা পর্যবেক্ষণ করে তাঁদের সমস্যা চিহ্নিতকরণ ও উন্নয়নের জন্য সুপারিশমালা প্রণয়নের উদ্দেশ্যে “Asian Survey on Agrarian Reforms and Rural Development (ASARRD)'' শীর্ষক একটি ষ্টাডি প্রকল্প গ্রহণ করে। প্রতিবেদনের মুল পর্যবেক্ষণ ছিল প্রচলিত উন্নয়ন ব্যবস্থায় গ্রামীণ দরিদ্র জনগোষ্ঠী উন্নয়ন প্রচেষ্টা থেকে বাদ পড়ে যাচ্ছে এবং এদের সংখ্যা দ্রুত বৃদ্ধি পাচ্ছে। প্রতিবেদনে গ্রামীণ দরিদ্রদের সকল প্রকার সেবা সহায়তা প্রদানের লক্ষ্যে গ্রাম পর্যায়ে দরিদ্রদের নিয়ে একটি ‘গ্রহণকারী ব্যবস্থা’ গড়ে তোলা এবং ‘প্রদানকারী ব্যবস্থা’কে ঢেলে সাজানোর সুপারিশ করা হয় ।

          এ প্রেক্ষাপটে জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর নেতৃত্বাধীন সরকারের সময়ে স্থানীয় সরকার পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের উদ্যোগে ১৯৭৫-১৯৭৬ অর্থ বছরের বার্ষিক উন্নয়ন কর্মসূচিতে ক্ষুদ্র কৃষক ও ভূমিহীন শ্রমিক উন্নয়ন প্রকল্প (এসএফডিপি) নামক একটি পরীক্ষামূলক প্রকল্প গ্রহণ করা হয়। প্রাথমিকভাবে প্রকল্পটি বাংলাদেশ পল্লী উন্নয়ন একাডেমী (বার্ড) কুমিল্লা, বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় এবং পল্লী উন্নয়ন একাডেমী (আরডিএ) বগুড়া কর্তৃক ১৯৭৬-১৯৮০ সময়ে এবং ১৯৮০-১৯৮৪ পর্যন্ত পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় বিভাগ কর্তৃক বাস্তবায়িত হয়। অতপর ১৯৮৫ হতে ২০০৪ পর্যন্ত বার্ড প্রকল্পটি বাস্তবায়ন করে। বিভিন্ন সংস্থার মূল্যায়নের ভিত্তিতে একে একটি স্বতন্ত্র প্রতিষ্ঠানে রূপ দেয়ার সিদ্ধান্তের পরিপ্রেক্ষিতে প্রকল্পটি ক্ষুদ্র কৃষক উন্নয়ন ফাউন্ডেশনে রূপান্তর করা হয়। যার মূল উদ্দেশ্য হচ্ছে, দেশের পল্লী অঞ্চলে বসবাসরত ভূমিহীন, প্রান্তিক চাষী ও ক্ষুদ্র কৃষকদের অনানুষ্ঠানিক কেন্দ্রের আওতায় সংগঠিত করে উৎপাদন, আত্মকর্মসংস্থান ও আয় বৃদ্ধিমূলক কার্যক্রমের মাধ্যমে আর্থ-সামাজিক অবস্থার উন্নয়ন তথা দারিদ্র্য হ্রাসকরণ।

          ফাউন্ডেশনের কার্যক্রম পরিচালনার জন্য ফাউন্ডেশন গঠনের প্রাক্কালে পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় বিভাগ হতে গঠিত ‘টাস্ক ফোর্স’ কর্তৃক সুপারিশকৃত আবর্তক ঋণ তহবিল নিয়ে ২০০৭ সালের ফেব্রুয়ারি মাস থেকে ফাউন্ডেনের মাঠ পর্যায়ে কার্যক্রম শুরু হয়েছে। বর্তমানে ফাউন্ডেশনের কার্যক্রম দেশের ৮টি বিভাগের ৩৬টি জেলার ১৭৩টি উপজেলায় কার্যক্রম বাস্তবায়িত হচ্ছে। ২০২১-২২ অর্থ  বছরে একটি প্রকল্প গ্রহণের মাধ্যমে আরও ২৭ টি উপজেলায় কার্যক্রম বাস্তবায়ন করা হবে।